蛋白同工酶将其加速酶学用于数据和人工智能项目,筹集了1500万美元资金

AI7号2024-05-031115

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Allozymes的巧妙方法快速测试数百万个基于生物的化学反应,不仅证明是一项有用的服务,而且是独特且有价值的数据集的基础。而有了数据集,就会有人工智能,有了人工智能,就会有投资者。该公司刚刚完成了一轮1500万美元的A轮融资,将其业务从一项有帮助的服务发展成为世界级资源。

2021年,我们首次报道了这家生物科技初创公司,当时它还处在初创阶段:“当时我们不到五个人,在我们的第一个实验室——一千平方英尺,”首席执行官兼创始人Peyman Salehian回忆道。

该公司在美国、欧洲和新加坡已经发展成为32人规模,并且拥有15倍实验室空间,这使得他们能加速已经快速增长的酶筛选技术。

自2021年以来,公司的核心技术并未发生变化,您可以在我们的原创文章中阅读其详细描述。但要点是,酶是一种氨基酸链,能在生物系统中执行特定任务,迄今为止,很难找到或发明。这是因为变种数量庞大:一个分子可能由数百个氨基酸组成,每个位置有20种选择,每种排列组合可能产生完全不同的效果。您很快就会进入数十亿种可能性!

利用传统方法,在一个合理的实验室空间内,这些变异可以以每天几百个的速度进行测试,但Allozymes使用一种方法,即将数百万个酶装入小液滴中,并通过特殊的微流体系统进行测试。您可以将其想象成一个传送带,上面有一个摄像头,扫描每个划过的物品,并自动将它们分类到不同的箱子里。

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这些酶可以是生物技术和化工行业所需的任何东西:如果你需要将原材料转化为特定的理想分子,或反之,或进行其他许多基础过程,酶就是实现这一目标的方法。找到一种廉价有效的酶很难,直到最近,整个行业一年测试大约一百万种可能性 - Allozymes的目标是在2024年将这一数字增加一千倍,以瞄准70亿个变体。

Salehian表示:“在2021年,我们只是在建造这些机器,但现在它们运转得非常好,我们每天可以筛选高达2000万种酶变体。”

这一过程已经吸引了来自多个行业的客户,其中一些因为保密协议(NDAs)的关系,Allozymes不能透露,但其他的已经在案例研究中有所记录。

  • 番茄中天然存在的酶类物质蕈烯素通常只能以极少的数量从数百万个番茄的皮肤中提取。然而,Allozymes发现了一种在生物反应器中制造同样化学物质的途径,使用的水量减少了99%(而且可能还占用更少的空间)。
  • 碧香精是另一种在天然坎迪亚树中发现的有用化学物质,这种亚马逊原生植物已经濒临灭绝。现在可以利用生物反应器和公司的酶途径生产任意数量的生物同源碧香精。
  • 植物和水果的纤维,如香蕉,可以被转化成一种叫做“可溶性甜纤维”的物质,这是其他糖和甜味剂的替代品;Allozymes获得了一百万美元的拨款来加速这个并不容易的过程。Salehian报告称,他们用这种方法制作了饼干和一些珍珠奶茶。

我询问了微塑料降解酶的可能性,这是许多研究的重点,也出现在Allozymes自己的宣传材料中。萨利安表示,虽然这是可能的,但在目前的商业模式下并不经济可行——基本上,客户需要前来公司说,“我想支付来开发这个技术。”但这已经进入到他们的视线,他们可能很快会在塑料回收和处理方面开展工作。

到目前为止,这一切基本上都属于公司最初的商业模式,即作为一项酶优化服务。但未来计划扩大业务范围,进行更多从零开始的工作,比如找到一种分子来满足需求,而不仅仅是改进现有的流程。

酶定制服务Allozymes所做的事情将被称为SingZyme(即单一酶),并将继续作为一种入门级选项,填补“我们想要以更快或更便宜的方式完成这项工作100倍”的需求场景。一个更加广泛的服务称为MultiZyme将采用更高级别的方法,发现或改进多种酶以满足更一般的“我们需要一个能够做这件事情的东西”的需求。

他们作为这些服务的一部分收集的数十亿数据点将始终是他们的知识产权,将构成Salehian说的“世界上最大的酶数据库”。

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Salehian表示:“你可以把结构给AlphaFold,它会告诉你如何折叠,但它无法告诉你如果与另一种化学物质结合会发生什么,当然,那个反应是工业唯一关心的部分。世界上没有任何机器学习模型可以准确告诉你该怎么做,因为我们拥有的数据如此稀少,如此零散;我们每天进行300个样本,持续20年,Allozymes的机器可以在一天内轻松超越这个数字。”

Salehian表示,他们正在积极开发一个基于他们拥有的数据的机器学习模型,甚至在已知结果上进行了测试。

他说:“我们把数据输入机器学习模型,它提出了一种新的分子建议,我们正在测试中。” 这是这种方法有希望的初步验证。

这个想法并不是前无古人:我们已经报道过许多公司和研究项目发现,机器学习模型在整理大型数据集方面非常有帮助,即使它们的结果不能取代真实过程,也能提供额外的信心。

一轮1500万美元的A轮融资包括新投资方Seventure Partners、新加坡国立大学科技控股、西亚创投和ID Capital,以及老股东Xora Innovation、SOSV、Entrepreneur First和Transpose Platform的再次投资。

萨莱安表示,公司的状况良好,时间充裕,资金充足,可以实现其雄心壮志,只是今年稍后可能会筹集一小笔资金,以扩大到制药业,并开设美国办事处。

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